左心发育不良综合征
年11月28日，在马里兰大学医学中心的手术室中，患有先天左心发育不良综合征（HLHS）的Josue接受了间充质干细胞的注射，利用干细胞的分化作用，增加心肌细胞，修复了受损的心脏。接受手术后，Josue的状况稳定，他的父母非常开心。
下肢静脉溃疡
年，70岁的陈女士因右下肢静脉溃疡引发慢性创面，辗转治疗近9个月都无法愈合。应用脐带间充质干细胞治疗新技术，对陈女士的慢性创面进行治疗。55天后，陈女士的伤口完全愈合，治疗效果明显。
代谢疾病糖尿病
在干细胞技术之前临床上尚无根治糖尿病的方法，只能依赖体外给予胰岛素或药物降低血糖，同时配合饮食调理和运动。
在我国，医院开展了间充质干细胞治疗II型糖尿病的临床案例。大多数患者都达到血糖降低，胰岛素减量的效果，部分患者甚至停止用药。与此同时，患者体质增强了，亚健康状态也得到一定程度纠正。
媒体报道一项间充质干细胞治疗I型糖尿病的安全性及疗效，结果显示，对42位患者的治疗效果良好，C-Pep上升.7%，胰岛素49.3%，HbA1c下降12.6%，快速血糖下降24.4%，胰岛素需求量下降29.2%。
糖尿病并发症
间充质干细胞在糖尿病并发症上的应用前景更为广阔。
糖尿病足
医院在无菌条件下，为5位住院的Ⅱ型糖尿病并发糖尿病足患者按3cm×3cm间距于患处多点肌内注射间充质干细胞悬液，病变严重者足部按1cm×1cm间距注射，溃疡周围重点注射，治疗后足部疼痛和麻木程度明显减轻，间歇性跛行显著改善，溃疡全部愈合。
安徽医科大学向53位II-IV级糖尿病足患者的病肢溃疡部位多点注射间充质干细胞，治疗后三个月，与对照组相比，治疗组疗效明显，皮肤温度，踝-臂压力指标，皮肤氧张力及跛行距离均有稳定提升。
糖尿病肾病
第二*医大学福州总院临床医学院与第二医院向15位胰背动脉、双肾动脉介入及外周静脉输注间充质干细胞，治疗后，患者血压、血糖、C肽值及肾功能指标均有所改善。在改善舒张压、肾功能方面的临床疗效方面，治疗组优于口服缬沙坦+皮下注射胰岛素的对照组患者。
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神经系统疾病帕金森病
我国第一例干细胞移植治疗医院完成。来自印尼的76岁老人谢喜云患帕金森病十几年，右手三个手指肌肉强直收缩，身体僵硬，吞咽困难，失去生活自理能力。在接受间充质干细胞移植后几个小时，就能顺利进食，当晚还能轻松地观看电视节目，身体其他症状明显好转。
中国医科大学将含有间充质干细胞的悬液通过颈动脉植入10位帕金森病患者体内，患者移植后，行走姿势、震颤程度，自主运动及坐、起运动能力得到提高，不但有效控制帕金森病的发病进程，而且有效改善受损的脑组织功能，提高了患者生活质量。
失眠症
医院为19位失眠症患者静脉输注间充质干细胞治疗慢性失眠，这些患者均入睡困难，睡眠质量下降，总睡眠时间不到6小时。治疗后1个月，患者的睡眠改善作用同口服药物相当；治疗2个月后，患者的睡眠质量评分明显好于口服药物，治疗3个月后，患者的睡眠质量也明显优于口服药物，且一次治疗作用可持续达1年之久，患者睡眠质量改善显著。
消化系统疾病肝硬化
年，我国第一例干细胞治疗肝医院完成。42岁的医院就诊时已经全身*疸，肝腹水，生命岌岌可危。专家用一根导管通过股动脉，把自体骨髓干细胞悬液送到患者肝脏。一周后，患者状态明显转好，腹水消失，能进食了，走路有劲了。5医院复查，*疸指数等八项生化指标全部恢复正常，原先已经萎缩的肝脏竟长大了一圈。
如今国内已有数千例肝硬化患者从间充质干细胞移植中获益。
解放*医院治疗发现，对照常规治疗患者，22位接受了间充质干细胞治疗的乙肝肝硬化患者临床症状得到有效改善，生命质量明显提升。
医院，22位接受了间充质干细胞治疗失代偿期肝硬化患者的临床症状和体征改善程度均优于常规治疗患者，患者临床症状和检测指标均得到改善，脐带间充质干细胞治疗肝硬化具有较好的临床疗效和安全性。
溃疡性结肠炎
年起，医院开展间充质干细胞治疗中重度溃疡性结肠炎的长期有效性治疗。治疗结果显示，脐带间充质干细胞治疗后的近期有效率达到87.5%。该成果在《ExperimentalandTherapeuticMedicine》上刊登。
溃疡性结肠炎临床治疗的主要目标之一是修复受损的结肠粘膜。间充质干细胞具有多向分化潜能，并且可通过分泌大量细胞因子，调节免疫微环境，发挥减轻炎症反应、促进组织再生、抑制组织纤维化形成等作用，在临床医学中具有极大的治疗潜力。
运动系统疾病股骨头坏死
间充质干细胞治疗人体股骨头坏死在国外已有报道。法国科学家治疗例股骨头坏死患者效果显著，其中87.3%的患者髋关节疼痛缓解；78.4%的患者关节功能改善；80%的患者行走间距延长。
吉林一位许姓小伙在一次攀岩活动中从高处摔下来，医院检查，双侧股骨头已坏死变形。按照常规治疗方法，应行人工关节置换手术。可是人造股骨头的寿命一般在10-15年，小许才27岁，一辈子需要不停地更换人工关节。专家将间充质干细胞经过技术处理后注入小许的股骨头，两周后小许就可以下地行走了。10个月后，医院复查，他的股骨头周围已长出丰富的血管，表明移植的间充质干细胞促使坏死变性的股骨头修复新生。
退行性关节炎20世纪90年代，Brittberg等开始利用自体软骨细胞修复软骨损伤取得了一定效果，因此越来越多的治疗开始